Здравствуйте Валерий! Обратите внимание на пункт 4 статьи 4 ФЗ-123.
4. В случае, если положениями настоящего Федерального закона (за исключением положений статьи 64, части 1 статьи 82, части 7 статьи 83, части 12 статьи 84, частей 1.1 и 1.2 статьи 97 настоящего Федерального закона) устанавливаются более высокие требования пожарной безопасности, чем требования, действовавшие до дня вступления в силу соответствующих положений настоящего Федерального закона, в отношении объектов защиты, которые были введены в эксплуатацию либо проектная документация на которые была направлена на экспертизу до дня вступления в силу соответствующих положений настоящего Федерального закона, применяются ранее действовавшие требования. При этом в отношении объектов защиты, на которых были проведены капитальный ремонт, реконструкция или техническое перевооружение, требования настоящего Федерального закона применяются в части, соответствующей объему работ по капитальному ремонту, реконструкции или техническому перевооружению.
Вот как раз в выделенном красным цветом тексте кроется ответ на Ваш вопрос. То есть, можно выполнить только часть работ по капитальному ремонту системы. И только к этой части будут применяться более высокие требования ФЗ-123, чем те которые действовали при первоначальном монтаже системы. Это значит (фигурально), что в 5-этажном здании можно один этаж модернизировать, а остальные оставить как есть, хотя все 5 этажей будут в единой системе объединенной единым интерфейсом. Тут все от финансирования зависит. А может вообще на разных этажах разные собственники. Если один хочет модернизации, то это не значит, что другие тоже обязаны.