Здравствуйте Сергей! Изменения в проект конечно внести можно. В ГОСТ Р 59638-2021 даже есть пункт который звучит так:
4.11 Внесение изменений в проектную (рабочую) документацию следует выполнять в соответствии с ГОСТ Р 21.101.
Соответственно вносите, нет проблем. Другое дело, что Вам я так понимаю вносить изменение нужно не в проект, а уже в смонтированную систему. А это уже совсем иное дело. Это значит что Вы производите реконструкцию (изменяется структурная схема системы). Соответственно, Вы обязаны эти изменения запроектировать и обосновать по какой причине данные изменения вносятся. Проект на реконструкцию, само собой должен производиться по действующим нормативным документам, так как проектировать по старым уже не действующим не корректно. Потом следует реализовать проект.